Năm 2006, Joe hẹn hò với AJ Michalka của nhóm Aly & AJ, như được khẳng định bởi Michalka trên blog MySpace của cô.

Năm 2008, Joe hẹn hò với ca sĩ đồng quê Taylor Swift, Caplan, David (ngày 8 tháng 9 năm 2008). “Scoop”. People.com. Truy cập ngày 24 tháng 5 năm 2012.</ref>[9]. Ngày 11 tháng 11 năm 2008, trong 1 cuộc phỏng vấn trên The Ellen DeGeneres Show, Swift khẳng định Joe chia tay với cô bằng 1 cuộc điện thoại 27 giây.[10][11] Trong cùng cuộc phỏng vấn với Ellen DeGeneres, Swift cho biết bài hát Forever & Always, Last Kiss và Better than Revenge được cho rằng ám chỉ mối quan hệ của cô với Jonas.[12]

Năm 2016, Joe bắt đầu hẹn hò với Sophie Tuner - sao nữ của series phim "Games of Thrones" và họ đính hôn vào tháng 10 năm 2017.